Prof. dr hab. med. Piotr Czauderna został prezesem Agencji Badań Medycznych. Dotychczas funkcję p.o. prezesa pełnił prof. Radosław Sierpiński. Zgodnie z Ustawą o Agencji Badań Medycznych, Prezes Agencji powoływany jest przez Ministra Zdrowia w drodze konkursu na okres 6 lat. Ta sama osoba może pełnić funkcję Prezesa nie dłużej niż przez dwie następujące po sobie kadencje.
Prezes Agencji odpowiedzialny jest za gospodarkę finansową Agencji, sprawy związane z realizacją i podziałem środków finansowych na realizację programów i innych zadań Agencji oraz za zarządzanie i gospodarowanie jej majątkiem. Po zasięgnięciu opinii Rady, Prezes sporządza: roczny plan finansowy Agencji i jego zmiany, roczny plan działalności Agencji i jego zmiany, roczne sprawozdanie finansowe Agencji, roczne sprawozdanie z działalności Agencji wraz z informacją o wynikach ewaluacji, perspektywiczne kierunki działalności Agencji, statut Agencji i jego zmiany oraz przedstawia je do zatwierdzenia Ministrowi Zdrowia.
Prof. Czauderna pracuje jako Kierownik Kliniki Chirurgii i Urologii Dzieci i Młodzieży Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Jest profesorem nadzwyczajnym GUMED. W drugiej połowie 2015 roku został członkiem Narodowej Rady Rozwoju, powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę. Jest także członkiem Rady Społecznej Wspólnie dla Zdrowia oraz pełni również funkcję prezesa Europejskiej Sekcji Chirurgów Dziecięcych Europejskiej Unii Specjalistów Medycznych (UEMS).
W latach 2006-2008 Pełnomocnik Rektora AMG ds. Programu Nowego Szpitala Uniwersyteckiego; 1996-2000 sekretarz ZG Polskiego Tow. Chirurgów Dziecięcych, 2000-2003 sekretarz generalny PTChD, 2003-2009 przew. oddz. PTChD w Gdańsku, od 2009 Prezes-Elekt PTChD, od 2012 Prezes PTChD; od 2009 przedstawiciel Polski i członek Zarządu Sekcji Chirurgii Dziecięcej Europejskiej Unii Specjalistów Medycznych (UEMS), od 2011 sekretarz w.w. Sekcji, Konsultant wojewódzki ds. Chirurgii Dziecięcej w woj. pomorskim.
Odbył liczne staże w zagranicznych klinikach chirurgii dziecięcej, m.in.: 1991 – Baylor College of Medicine (Houston, USA), UCLA School of Medicine (Los Angeles, USA), John Hopkins Medical School (Baltimore, USA) i Stanford University (USA), 1992 – staż w Medizinische Hochschule w Hanowerze, 1996 – staż w Klinice Ortopedii Akademickiego Szpitala Klinicznego (AKH) w Wiedniu, 1999 – staż w Royal Hospital for Sick Children w Edynburgu i Klinice Chirurgii Dziecięcej Szpitala HELIOS w Berlinie.
W 2002 r. uzyskał Europejską specjalizację „Board” z chirurgii dziecięcej.
